W drugiej nocie Świętego Oficjum z 6 marca 1959 r. autorzy wycofali się jednak z negatywnego sądu co do prawdziwości objawień, nie zakazywano tak ostro propagowania samego kultu, ale powierzono to „roztropności biskupów, włącznie z usunięciem obrazów, które ewentualnie zostały już wcześniej wystawione do kultu”. W związku z czym obrazy ze świątyń zostały usunięte, zaprzestano organizowania nabożeństw.

Jednak ówczesny metropolita krakowski abp Eugeniusz Baziak, zdecydował, że obraz Adolfa Hyły przedstawiający Jezusa Miłosiernego, związany z objawieniem siostry Faustyny ma pozostać tam, gdzie był, czyli w kaplicy klasztoru w Łagiewnikach. Z innych kościołów został usunięty.

Zasadniczą rolę w zdjęciu zakazu i dalszym rozwoju kultu Miłosierdzia Bożego odegrał następca abp Baziaka, abp Karol Wojtyła, który nie miał wątpliwości co do prawdziwości objawień siostry Faustyny i szczególnej aktualności przesłania o Bożym Miłosierdziu. Będąc młodym księdzem wracał często do kaplicy w Łagiewnikach. Kronika sióstr odnotowuje, że ksiądz Wojtyła kilkakrotnie głosił kazanie w trzecią niedzielę miesiąca w czasie Mszy świętej i nabożeństwa do Bożego Miłosierdzia.

Wojtyła jako arcybiskup krakowski od 1964 r., przyjął mądrą strategię polegającą na tym, że najpierw należy doprowadzić do rozpoczęcia procesu beatyfikacyjnego s. Faustyny, a potem dopiero podjąć kroki mające na celu propagowanie kultu Bożego miłosierdzia.

Proces informacyjny ws. siostry Faustyny w archidiecezji krakowskiej rozpoczął się w 1965. Zakończył po dwóch latach, a w 1968 zaczął być prowadzony jej proces beatyfikacyjny w watykańskiej Kongregacji ds. Świętych. W tym czasie kard. Wojtyła zarządził nowe wydanie „Dzienniczka”, gdzie tekst został skopiowany dosłownie, bez opuszczeń i dopisków oraz ze zwróceniem uwagi na podkreślenia ołówkiem, którym s. Faustyna zaznaczała słowa Jezusa. Zlecił ekspertyzę teologiczną "Dzienniczka" s. Faustyny ks. prof. Ignacemu Różyckiemu z krakowskiego Papieskiego Wydziału Teologicznego, który znany był z tego, że nie był przekonany do orędzia siostry Faustyny. Jednakże napisana przez niego obiektywna, naukowa analiza, dała podstawy do tego, że Paweł VI w 1978 r. odwołał ograniczenia dotyczące kultu Bożego Miłosierdzia. W tym samym roku kard. Wojtyła został papieżem.

Encyklika i "Dzienniczek"

W 1980 roku Jan Paweł II ogłosił encyklikę „Dives in misericordia” o Bożym Miłosierdziu. Ważny etap rozwoju kultu stanowiła beatyfikacja s. Faustyny (18 kwietnia 1993 w Rzymie). Siedem lat później, 30 kwietnia 2000 r., bł. s. Faustyna Kowalska została wyniesiona przez Jana Pawła II do chwały ołtarzy jako święta. 5 maja 2000 r. Kongregacja Kultu Bożego i ds. Dyscypliny Sakramentów wydała dekret ustanawiający obowiązujące w całym Kościele powszechnym Święto Miłosierdzia Bożego. Polecenia Pana Jezusa, sformułowane w trakcie objawień zostały tym samym zrealizowane.

W Polsce do rozwoju kultu Miłosierdzia Bożego przyczyniło się także wydane w 1981 r. krytyczne opracowanie "Dzienniczka" w jego oryginalnym kształcie. W połowie lat 80. nie było już diecezji, która by nie miała parafii pw. Miłosierdzia Bożego.

Święto Miłosierdzia Bożego wpisał do kalendarza liturgicznego najpierw kard. Franciszek Macharski dla archidiecezji krakowskiej (1985), a potem niektórzy biskupi polscy w swoich diecezjach. Na prośbę Episkopatu Polski Jan Paweł II w 1995 roku wprowadził to święto dla wszystkich diecezji w Polsce. Po kanonizacji Siostry Faustyny 30 kwietnia 2000 r. Papież ogłosił to święto jako obowiązujące w całym Kościele.

Ofiarowanie świata Bożemu Miłosierdziu

17 sierpnia 2002 roku Jan Paweł II zawierzył świat Bożemu Miłosierdziu. Tego dnia w Krakowie-Łagiewnikach konsekrował nową świątynię pod wezwaniem Bożego Miłosierdzia i ustanowił w niej światowe sanktuarium Miłosierdzia Bożego.

„Tobie zawierzamy dziś losy świata i każdego człowieka. Pochyl się nad nami grzesznymi, ulecz naszą słabość, przezwycięż wszelkie zło, pozwól wszystkim mieszkańcom ziemi doświadczyć Twojego miłosierdzia, aby w Tobie, Trójjedyny Boże, zawsze odnajdywali źródło nadziei" - modlił się wówczas Papież, powierzając cały świat Bożemu Miłosierdziu.

„Czynię to z gorącym pragnieniem, aby orędzie o miłosiernej miłości Boga, które tutaj zostało ogłoszone za pośrednictwem Siostry Faustyny, dotarło do wszystkich mieszkańców ziemi i napełniało ich serca nadzieją. Niech to przesłanie rozchodzi się z tego miejsca na całą naszą umiłowaną Ojczyznę i na cały świat” – wyjaśniał, apelując, że „Trzeba tę iskrę Bożej łaski rozniecać. Trzeba przekazywać światu ogień miłosierdzia, gdyż w miłosierdziu Boga świat znajdzie pokój, a człowiek szczęście”.

„To zadanie powierzam wam, drodzy bracia i siostry, Kościołowi w Krakowie i w Polsce oraz wszystkim czcicielom Bożego miłosierdzia, którzy tutaj przybywać będą z Polski i z całego świata. Bądźcie świadkami miłosierdzia!” – apelował.

Jan Paweł II odszedł do Domu Ojca po pierwszych Nieszporach Niedzieli Miłosierdzia 2005 r. - uroczystości, którą sam ustanowił.

Do sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Krakowie Łagiewnikach przybywało corocznie przed wybuchem pandemii około 2, 5 miliona pielgrzymów z Polski i wszystkich kontynentów. Szczególnie licznie sanktuarium odwiedzili młodzi podczas Światowych Dni Młodzieży w 2016 roku w Krakowie.

Jednym z owoców konsekracji świata Bożemu Miłosierdziu w Krakowie, była decyzja o utworzeniu sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Wilnie, mieście, gdzie s. Faustyna doświadczyła większości swych objawień. Obecny na uroczystościach w Łagiewnikach metropolita wileński kard. Audrys Juozas Bačkis postanowił pracować nad ożywieniem kultu na całej Litwie. Pierwszym krokiem miało być otwarcie sanktuarium Bożego Miłosierdzia. Kardynał wyremontował w tym celu kościół św. Trójcy w Wilnie, do którego przeniósł we wrześniu 2005 r. cudowny obraz Jezusa Miłosiernego. Obraz ten od czasów wojny, przez kilkadziesiąt lat ukrywany był w jednej z parafii na Białorusi, a do Wilna powrócił w 1987 r. i początkowo umieszczony został w należącym do miejscowych Polaków kościele Świętego Ducha. Dziś w wileńskim sanktuarium Bożego Miłosierdzia każdego dnia sprawowane są liturgie zarówno po litewsku jak i po polsku oraz w wielu innych jeżykach. Przybywają tam pielgrzymi z całego świata.

W Polsce obok sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach kult Miłosierdzia Bożego szerzony jest również w kilku innych sanktuariach, to znaczy w Płocku, w Dolinie Miłosierdzia w Częstochowie, w Myśliborzu, w Ożarowie Mazowieckim, w Kaliszu, Warszawie, w Białymstoku, w Świnicach Warckich.

Kult w skali świata

Wilno jest głównym miejscem objawień siostry Faustyny, a dziś drugim po Krakowie ośrodkiem czci Bożego miłosierdzia. W wileńskim sanktuarium znajduje się jedyny obraz Jezusa Miłosiernego namalowany przez Eugeniusza Kazimirowskiego za życia św. siostry Faustyny i wedle wskazówek samego Jezusa, który je przekazał wizjonerce. Cudowny obraz z napisem: „Jezu, ufam Tobie” powstał w 1934 r. Różni się od kopii spopularyzowanych w Polsce przede wszystkim tym, że Jezus patrzy w dół. Jak zapisała siostra Faustyna w „Dzienniczku”: „Spojrzenie moje z tego obrazu jest takie jako spojrzenie z krzyża.” (Dz. 326). Msze z sanktuarium w Wilnie w języku polskim o 7.00 i 15.00 (według czasu polskiego) można śledzić online. Mszę o godzinie 15.00 poprzedza Koronka odmawiana po polsku.

We Włoszech główne miejsce szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego stanowi Centro della Divina Misericordia przy kościele Santo Spirito in Sassia w Rzymie w pobliżu Watykanu. Specyficzną formą szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego w tym kraju jest peregrynacja obrazu Jezusa Miłosiernego do parafii i wspólnot zakonnych, które tego pragną. Kilkudniowy pobyt obrazu Jezusa Miłosiernego w parafii lub wspólnocie kończy się zapoczątkowaniem odmawiania na stałe koronki do Miłosierdzia Bożego i Godziny Miłosierdzia.

W Niemczech od 1987 roku działa w Brilon Schwester Faustine Sekretariat, zajmujący się wydawaniem i dystrybucją obrazków, folderów i książek propagujących posłannictwo św. Siostry Faustyny i jej duchowość.

We Francji od zakończenia II wojny światowej kult Miłosierdzia Bożego szerzą księża pallotyni z ośrodka w Osny pod Paryżem. W 1993 roku wznowione zostało po 35 latach przerwy czasopismo pt. "Messager de la Misericorde Divine". Kult Jezusa Miłosiernego sprawowany jest w około 100 kościołach, kaplicach i wspólnotach zakonnych we Francji.

W Portugalii szerzeniem kultu Miłosierdzia Bożego zajmuje się Apostolat Miłosierdzia Bożego z siedzibą w Balsamao. Oprócz Balsamao istnieje w Lizbonie ośrodek kultu Miłosierdzia Bożego założony przez Stowarzyszenie Katolików Świeckich pod nazwą "Odnowić wszystko w Chrystusie".

W Anglii i Irlandii istnieją liczne ośrodki kultu Miłosierdzia Bożego prowadzone przez księży marianów, a także ludzi świeckich. Za przykład można podać Fawley Court w Henley-on-Thames w Anglii. Ośrodek ten rozwija działalność duszpasterską i wydawniczą.

W Czechach ośrodki kultu Miłosierdzia Bożego w Brnie i innych miastach utrzymują kontakty z sanktuariami polskimi. Czciciele Miłosierdzia Bożego z Czech co roku licznie przybywają do sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach na święto Miłosierdzia.

Na Węgrzech główny ośrodek kultu Miłosierdzia Bożego mieści się w Egerze, a osobą odpowiedzialną za kontakty i współpracę Episkopatu Węgier z sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach jest tamtejszy sufragan bp Istvan Katona.

Na Słowacji księża pallotyni budują w Spisska Nova Ves kościół pod wezwaniem Bożego Miłosierdzia i od 1997 roku wydają czasopismo "Apostol Bozieho Molosrdenstva".

W Szwecji od 1995 roku grupa czcicieli Miłosierdzia Bożego gromadzi się regularnie przy parafii Najświętszej Maryi Panny w Malmo. Podobne grupy działają w Boras i w Göteborgu.

Bardzo żywo kult miłosierdzia rozwija się od czasów II wojny światowej w Stanach Zjednoczonych. Obecnie w USA istnieje 75 sanktuariów Bożego Miłosierdzia, na czele z Narodowym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego Stanów Zjednoczonych w Stockbridge w stanie Massachusatts.

Kult, zapoczątkowany objawieniami św. Faustyny, jest bardzo rozpowszechniony także w Ameryce Południowej i Afryce, na Filipinach, Korei i Nowej Zelandii. W Australii działa Bractwo Miłosierdzia Bożego, które zrzesza ponad 5 tys. osób z 14 krajów. Bardzo prężnym ośrodkiem duszpasterskim i wydawniczym jest również kanadyjska wspólnota w Verdun, której członkowie troszczą się o ludzi zagubionych moralnie.

Czciciele Miłosierdzia Bożego zrzeszają się ponadto w dwóch międzynarodowych organizacjach: Stowarzyszeniu Apostołów Bożego Miłosierdzia "Faustinum", które liczy ok. 5 tys. osób z ponad 40 krajów oraz w wielomilionowym Apostolskim Ruchu Bożego Miłosierdzia. W samych Stanach Zjednoczonych należy do niego ok. miliona osób.

Szerzeniem orędzia Miłosierdzia Bożego w szczególny sposób zajmuje się założone w 1862 r. w Warszawie zgromadzenie Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, do którego należała s. Faustyna oraz Siostry Jezusa Miłosiernego - zgromadzenie założone w 1942 r. w Wilnie przez kierownika duchowego i spowiednika s. Faustyny, bł. ks. Michała Sopoćkę.