To Muzeum nie tylko przedstawia wiedzę o faktach, ale skłania do zadumy i postawienia pytań o sens życia, o miejsce człowieka w świecie i jego odpowiedzialności za historię, wreszcie o świętość - mówi ks. Zygmunt Malacki.

Jest to Muzem naprawdę niezwykłe. Po pierwsze dlatego, że płynie w nim... Wisła, a nad nią powiewa zakrwawiona i poszarpana sutanna ks. Popiełuszki. Z dala dobiega też jego cichy, charakterystyczny głos, słychać fragmenty kazań, gdzieniegdzie wyłania się też jego postać. Wszystko to można zobaczyć w salach podziemia kościoła św. Stanisława Kostki, tuż obok grobu Kapłana Męczennika.
Wejście do Muzeum znajduje się od strony wschodniej, symbolicznie - od grobu ks. Jerzego Popiełuszki. Już na początku ekspozycji zwiedzających „wita” Ksiądz Jerzy. Drobna postać, pogodne oczy, łagodny uśmiech - bo taki właśnie był. Potem przez krzyż, nad którym widnieje napis - fragment wiersza Cypriana K. Norwida: „Krzyż stał się nam bramą”, wchodzi się do pierwszej sali: „W cieniu PRL”. Jest to syntetyczny obraz rzeczywistości Polski Ludowej, w której żył także Ksiądz Jerzy. Jak wyjaśnia ks. Malacki, sala przypomina najważniejsze wydarzenia z historii Polski lat 1944-89, opowiada o tym, jak Polacy, wspierani przez Kościół, zmagali się z państwem totalitarnym w obronie wiary, godności człowieka i narodu. Ukazuje, że w historii Księdza Jerzego nastąpiło wyjątkowe spotęgowanie konfliktu między społeczeństwem a państwem komunistycznym, między dobrem a złem.
Ogromne wrażenie sprawia kolejna sala: „Korzenie”. Ukazuje ona krajobraz lat dziecięcych Księdza Jerzego, przypomina jego dom rodzinny w Okopach, z piecem kaflowym i oryginalnymi drzwiami z sieni, które ks. Malacki przywiózł z Białostocczyzny. W sali tej jest także kołyska pleciona z drzewa, w której Ksiądz Jerzy spał jako dziecko, można też obejrzeć zdjęcia rodzinne Popiełuszków.
Każde pomieszczenie w Muzeum przedstawia jakiś okres życia Księdza Jerzego: pobyt w seminarium i w wojsku - jest nawet różaniec ułożony z żołnierskich czapek, co ma wymowę symboliczną, Ksiądz Jerzy bowiem nie dał sobie zdjąć w wojsku różańca z palca, codziennie się na nim modlił, za co był prześladowany; są także oryginalne listy ks. Popiełuszki, które z wojska pisał do ojca duchownego seminarium. Serce Muzeum stanowi sala: „Dar kapłaństwa”, bo upamiętnia kapłańską posługę Księdza Jerzego - od pierwszych parafii do słynnych Mszy św. za Ojczyznę. W Muzeum są pomieszczenia oddające atmosferę stanu wojennego: m.in. zdjęcia z tamtych czasów, także plakaty z gen. Jaruzelskim w tle, ogłaszającym wprowadzenie stanu wojennego. Naprzeciw wyryte są nazwiska osób, które otrzymały wtedy wyroki śmierci. Ks. Popiełuszko jest wśród nich. Wąskie korytarze, przypominające grozę tamtych dni, prowadzą zwiedzających na „Golgotę” - do Bydgoszczy, gdzie 19 października 1984 r. ks. Popiełuszko odprawił swoją ostatnią w życiu Mszę św. Sala jest poświęcona upamiętnieniu jego męczeńskiej śmierci. To w niej płynie Wisła, a nad nią powiewa zakrwawiona i poszarpana sutanna ks. Popiełuszki. W „Sali pogrzebu” natomiast można obejrzeć na wideo film z uroczystości pogrzebowych Księdza Jerzego. Stamtąd droga wiedzie do pomieszczenia: „Pomnażanie dobra”, gdzie można zobaczyć to wszystko, co dokonuje się po śmierci Kapłana Męczennika - cuda i łaski, jakich doznają ludzie, księgi pamiątkowe, listy, wspomnienia. „Sala «Pomnażanie dobra» to świadectwo prawdy, że śmierć zamienia się w życie - mówi ks. prał. Malacki.
Wychodzących z Muzeum żegna napis: „Przez krzyż do zmartwychwstania”. „Te słowa - podkreśla ks. Malacki - pozwalają uświadomić, że prawda jest wartością, która wyzwala, a człowiek, choćby i umarł, żyć będzie”.
Co jeszcze kryje to Muzeum - bez wątpienia trzeba zobaczyć.
„To Muzeum nie tylko przedstawia wiedzę o faktach, ale skłania do zadumy i postawienia pytań o sens życia, o miejsce człowieka w świecie i jego odpowiedzialność za historię, wreszcie - o świętość. Ukazuje życie i śmierć ks. Popiełuszki na wielu płaszczyznach: etycznej, eschatologicznej, historycznej i historiozoficznej - podkreśla ks. Malacki. - Poprzez ukazywanie prawdy o historii Polaków 2. poł. XX wieku kształtuje postawę obywatelskiej odpowiedzialności za dobro wspólne narodu”.

Muzeum Księdza Jerzego można zwiedzać codziennie - zarówno indywidualnie, jak też w grupach zorganizowanych. Pomocą w poznaniu biografii ks. Popiełuszki jest zwięzłe kalendarium, także w językach: angielskim, francuskim, niemieckim, włoskim, rosyjskim i hiszpańskim.