Ks. Jan Byrt - pastor ewangelicki ze Szczyrku - od razu zareagował, wysyłając do Prezydenta RP list, w którym uzasadnił potrzebę nauki religii w szkole: - My uczymy nie tylko na lekcjach, ale i na przerwach, patrząc i obserwując, jak dzieci się zachowują. Nie ma lepszego miejsca do pokazania tolerancji pomiędzy wyznawcami innych Kościołów, jak wspólna praca w szkole z dziećmi i wspólnota między księżmi i pracownikami szkoły - pisał duchowny. Przy okazji wskazał, czego poprzez religię uczą kapłani: - Panie Prezydencie, księża nie uczą niczego złego! Wprost przeciwnie, uczą miłości do Boga i do bliźniego. Uczą uczciwości, prawdomówności, czystości, pracowitości, modlitwy, a takich cech potrzebuje każdy naród! Nigdy nie spodziewałem się też, że doczekam się czasów w tym naszym pięknym słowiańskim kraju, w Polsce, gdy Kościół zaczynie odczuwać „początki prześladowania”, bo jak odbierać ostatnią decyzję pani minister MEN, która lekcje religii spycha na margines? - zastanawiał się.
Duchowny zwrócił również uwagę na kwestie finansowe, które w samorządach lokalnych stanowią trudność: - Samorządy w mniejszych miastach, jak wszyscy wiemy, są bardzo biedne, bo wszystko spycha się na te właśnie samorządy. Czy to ma oznaczać ograniczenie lekcji religii? Czy koniec lekcji religii w szkołach? - pytał w liście.
Czas zatem pokaże, jakie ostateczne ustalenia zapadną w tej kwestii. Ks. Byrt prosił prezydenta w liście, by nie podejmowano pochopnych decyzji: „Dlatego piszę do Pana Prezydenta z prośbą o pomoc w tej sprawie. Aby decyzji nie podejmować pochopnie, ale aby się przyglądnąć, czego uczą księża w szkole, a uczą Dekalogu, który jest podstawą każdego prawa w każdym państwie. Księża pomagają Polsce”.

W marcu br. zrobiło się głośno na temat planów MEN w sprawie finansowania nauki religii i etyki w szkołach. Ministerstwo chciało od 1 września br. pominąć religię w ramowym planie nauczania, a decyzję o jej finansowaniu przekazać samorządom lokalnym. Ks. Jan Byrt zaprotestował przeciwko tym planom