Po koronacji ikony Matki Bożej Nieustającej Pomocy nastąpiły przygotowania do uroczystej Mszy św., która odbyła się na placu. Przewodniczył jej ordynariusz diecezji chełmińskiej, wielki czciciel Matki Bożej bp Kazimierz Józef Kowalski. Podczas Eucharystii asystowali mu: ks. Franciszek Jank, ks. Roman Górski, ks. Paweł Müller oraz ks. Alfons Trzebiatowski, który był ceremoniarzem.
Homilię wygłosił ordynariusz tarnowski bp Jerzy Ablewicz, który m.in. nawiązał do niewydania zgody przez władze państwowe na wyjazd przedstawicieli polskiego Episkopatu do Rzymu. Fragment ten nie uszedł uwadze funkcjonariuszy SB, którzy odnotowali to w swoich raportach. W notatkach tych spotykamy także fragment modlitwy wiernych, w której modlono się „za Prymasa - wodza duchowego i ideowego Polski i prawdziwej wolności Kościoła. Za Ojczyznę i tych, którzy nami rządzą, aby Duch natchnął ich sprawiedliwością i miłością”. Jak widać, wydarzenia koronacyjne wzbudzały ogromne zainteresowanie władz.
Pod koniec Mszy św. przemówienie wygłosił Prymas Polski kard. Stefan Wyszyński, oto jego fragment: „Jesteśmy w mieście akademickim, wśród domów młodzieży akademickiej. W mieście tym, gdzie objawiła się wielka mądrość człowieka wierzącego Mikołaja Kopernika, który ukazał ludzkości znaki na niebie - słońce, trzeba tak rozwijać mądrość, aby wzrastała w niej żywa i głęboka religijność i rzetelna pobożność, z różańcem, na kolanach przed Tą, którą Kościół ongiś ogłosił jako «znak wielki na niebie - Niewiasta obleczona w słońce».
Polsce potrzeba nieprzeciętnej pobożności i rzetelnej modlitwy. Wtedy będą rodzić się z wiary żywe owoce społecznej miłości. Tego najgoręcej życzymy miastu, Polsce i całemu światu. A nasze życzenia i nadzieje przekazujemy z Bielan toruńskich na Watykan, do Ojca Świętego Pawła VI z gorącymi podziękowaniami za to, że współczesnemu, tracącemu wiarę światu, ukazał Tę, która jest błogosławiona, bo uwierzyła, i która z żywej wiary dała nam błogosławiony owoc Ojcowskiej Miłości, Pana naszego Jezusa Chrystusa”.
Po przemówieniu Księdza Prymasa miał miejsce bardzo ważny moment, mianowicie bp Kazimierz Kowalski, bp Zygfryd Kowalski, bp Bernard Czapliński, o. Stanisław Wójcik, o. Alfons Wittig, o. Stanisław Zdunek i ks. Bronisław Jagła (dziekan toruński) odczytali akt ofiarowania Matce Bożej Nieustającej Pomocy Kościoła w Polsce, całej diecezji chełmińskiej oraz różnych grup wiernych.
Następnie wyruszyła procesja z koronowanym obrazem do nowej kaplicy w kościele. Ikonę nieśli kolejno: biskupi, duchowieństwo diecezjalne, zakonnicy, siostry zakonne, przedstawiciele poszczególnych stanów i na końcu redemptoryści. Po poświęceniu nowej kaplicy i ołtarza oraz trzykrotnym odmówieniu wezwania „Matko Pomocy Nieustającej, proś Boga za nami” Prymas Wyszyński umieścił ukoronowany obraz w przygotowanym miejscu. Na końcu odśpiewano „My chcemy Boga” i „Boże coś Polskę”. Po Mszy św. odbył się okolicznościowy obiad. Uczestniczyli w nim Prymas Stefan Wyszyński, biskupi, ok. 150 księży oraz zaproszeni goście świeccy. W dniach po koronacji przeżywano w kościele na Bielanach tzw. tydzień pokoronacyjny.
Na uroczystości do Torunia przybyli wierni z całej Polski, przyjmuje się, że było ich ok. 30 tys. Najwięcej, oczywiście, z samego miasta oraz najbliższych miejscowości. W kronice parafii św. Józefa w następujących słowach podsumowano niedzielne wydarzenia: „Cała uroczystość koronacyjna wywarła niezatarte wrażenie. Sami kapłani mówili między sobą, że uderzyło ich głębokie skupienie religijne wiernych, co było znów wyrazem religijnego wewnętrznego przeżycia”.
Po uroczystościach władze państwowe oskarżyły organizatorów m.in. o zainstalowanie urządzeń magnetofonicznych, wywieszenie biało-żółtych flag na zewnątrz kościoła oraz zorganizowanie zbiórki pieniężnej poza ogrodzeniem kościoła. Sprawa ciągnęła się kilka miesięcy, ostatecznie 12 lutego 1968 r. rektor klasztoru toruńskiego o. Alfons Wittig został ukarany grzywną w wysokości 1500 zł.

Matko Boża i Matko nasza - ukoronowana przez swego Syna - na Panią nieba i ziemi - spojrzyj swymi miłosiernymi oczami - na lud Boży zgromadzony przed Twoim obrazem. Nieustającą jesteś Pomocą - i na nieustanne błagania stroskanych ludzi - otwierasz swe serce. Ukoronowana jesteś za cudowną opiekę - bo jesteś nieustannie bliska - pokornej prośbie swych dzieci - korzących się przed Tobą. W hołdzie uwielbienia oddajemy Ci - Kościół katolicki w Polsce - nieustannie wspieraj go, by odnalazł - na drogach życia - zbłąkane twe dzieci - i dał im przeżyć radość służenia Tobie.
Można Patronko Diecezji - strzeż rodzinę diecezjalną - z jej pasterzami, duchowieństwem i wiernymi - a nieustanną swą pomoc - przenoś na inne rodziny diecezjalne - które trwają poprzez swych pasterzy - przy następcy Piotra.
Oddajemy Ci z pokorą Ojczyznę - i nasze miasto Toruń - w którym Twa dobroć zbudowała tron łaski. Do twych macierzystych kolan - niech zbliżają się ciągle Twe dzieci - z pokornym błaganiem o pomoc. Bądź nieustanną pomocą - całemu Episkopatowi Polski - i utwierdzaj go w apostolskim posługiwaniu.
Wspieraj rodziców krwawiących w pracy i trudzie - bo oni oddają się Tobie. Hetmanką bądź dziewczętom i chłopcom - broń ich od zła i dawaj im Jezusa, owoc swego żywota. Dzieciom daj odczuć matczyną Twą dobroć - na ich nieustanny szczebiot - odpowiedź, o Matko, przemożnym wsparciem.
Weź w swe władanie, o można Królowo, miasta i wioski całej diecezji. Ulżyj chorym, strapionym i zmęczonych życiem. Zapalaj światło Chrystusa w sercach tych - co odeszli od Twego Syna. A nam, tu zgromadzonym, bądź Nieustającą Pomocą w wypełnianiu codziennych obowiązków na chwałę Boga.
Fragment aktu ofiarowania Matce Bożej Nieustającej Pomocy Kościoła w Polsce, całej diecezji chełmińskiej oraz różnych grup wiernych