Podczas modlitwy przed wizerunkiem Jezusa Ukrzyżowanego 90 lat temu otrzymał stygmaty. Na rękach i stopach pojawiły się krwawiące rany, głęboka, ok. 7-centymetrowa rana przeszyła również bok jego serca. Przyjął cierpienie z pokorą, bo uważał, że krzyż dźwigany dla Chrystusa staje się tak miły jak miłość.
I dziś, choć minęło 40 lat od jego śmierci, postać św. o. Pio nadal fascynuje i pociąga miliony ludzi. Czciciele świętego zakonnika z San Govanni Rotondo realizują nakreślony przez niego program duchowy. Skupieni w tzw. Grupach Modlitewnych św. o. Pio m.in. modlą się o pokój, o nawrócenie grzeszników, spotykają się w kościele, odmawiają Różaniec, rozważają Słowo Boże i starają się nim żyć.
Szczególnym miejscem kultu świętego kapucyna jest od kilku lat sanktuarium w Terliczce w pobliżu Rzeszowa. Tu w latach 1984-88 z inicjatywy o. Włodzimierza Lecha wzniesiono dwupoziomowy kościół jako wotum wdzięczności dla Matki Bożej Fatimskiej za ocalenie życia Papieża Jana Pawła II podczas zamachu. Pierwszym duszpasterzem został o. Stanisław Król, drugim - o. Andrzej Bugajewski i trzecim - o. Jan Maria Sochocki. Zapał i energia charyzmatycznego o. Jana oraz rozmodlenie, umiłowanie konfesjonału oraz ogromna pokora drugiego kapucyna - o. Klemensa przyciągały w to miejsce nie tylko czcicieli Matki Bożej Fatimskiej, ale także czcicieli ich duchowego brata - zakonnika i stygmatyka z San Govanni Rotondo. Po beatyfikacji o. Pio, która miała miejsce 2 maja 1999 r., o. Jan otrzymał jego relikwie i przywiózł do Terliczki. Kiedy 4 czerwca 1999 r. bp Kazimierz Górny nadał świątyni drugiego patrona - dziś św. o. Pio, zaczął prężnie rozwijać się kult tego zakonnika i powstawały grupy modlitewne. Maleńka Terliczka pod Rzeszowem stała się znana w ciągu kilku lat w całej Polsce. Biskup Ordynariusz postanowił wtedy dekretem z 13 maja 2005 r. uznać to miejsce ze diecezjalne sanktuarium o. Pio. Tu na nabożeństwa fatimskie, odpusty, spotkania z Radiem Maryja zjeżdżają tłumy wiernych. Tak było i w uroczystość odpustową św. o. Pio 23 września br. Na Mszę św. przybyło wielu gości, m.in. bp Kazimierz Górny, kapłani z diecezji, ojcowie kapucyni z prowincjałem o. Jackiem Waligórą, wikariusz prowincji o. Artur Pokrzywa, ks. inf. Ireneusz Skubiś - redaktor naczelny „Niedzieli”, który wygłosił poruszające kazanie na temat obecności krzyża w naszym życiu. Okazją do wspólnego dziękczynienia było otwarcie i poświęcenie nowo wybudowanego klasztoru św. o. Pio w Terliczce, nałożenie klauzury oraz poświęcenie relikwiarza - chusty, którą o. Pio ocierał ranę boku serca. - Klasztor ten został wybudowany dzięki ofiarności wielu ludzi, często anonimowych, z kraju i zagranicy, głównie Polonii chicagowskiej, którym dzisiaj za to dziękujemy - mówił o. Jan Sochocki. Ojcowie kapucyni mieszkający w klasztorze w Terlicze, pamiętając słowa o. Pio: „kiedy Pan mnie zawoła do siebie, to Mu powiem: Panie, ja tu zaczekam u niebieskich drzwi, wejdę, gdy zobaczę, że weszło do nieba ostatnie z moich duchowych dzieci” pragną w tym sanktuarium stawać się świadkami duchowych spotkań ludzi ze świętym stygmatykiem.