W 2001 r. została wydana książka o profesorach Seminarium Duchownego w Płocku pt. „Mistrzowie i Nauczyciele”. W jej wprowadzeniu zostały zamieszczone słowa: „Jesteśmy wdzięczni Bogu za możliwość wspominania. Wspomnienia zapełniają opustoszałe domy, ożywiają cmentarze, łączą rodziny, budują świadomość grup społecznych i narodowych. Wspomnienia jak dobre anioły krążą nad naszymi głowami”. Po śmierci ks. Jana Łaszczyńskiego te zdania brzmią szczególnie. Oto bowiem mury seminarium na zawsze opuścił o. Jan, mistrz i nauczyciel wielu pokoleń.
W sobotę 7 lipca złamał biodro i znalazł się w szpitalu, gdzie czekał na operację. Zawsze chętnie wspominał swoją młodość i wielu ludzi, dzięki którym stawał się kapłanem. Nie inaczej było w szpitalu - odwiedzający go klerycy słuchali jego opowieści o rodzinnym mieście - Przasnyszu, jego kleryckich wakacjach. Z każdą godziną jednak gasł. W środę 11 lipca przyjął sakrament namaszczenia chorych. „Wyprawiam cię w drogę, bracie w Chrystusie, w imię Boga Ojca Wszechmogącego, który cię stworzył… Niech dziś już będzie dla ciebie przygotowane miejsce w pokoju, twoje mieszkanie u Boga, w świętym Syjonie…” (z liturgii sakramentu). Wieczorem tego dnia przeszedł na drugą stronę życia.
Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się w piątek 13 lipca. Po południu ciało o. Jana zostało przywiezione do Wyższego Seminarium Duchownego, do miejsca, w którym spędził prawie całe swoje kapłańskie życie. O godz. 16 przy trumnie zmarłego zostały odśpiewane Nieszpory oraz Różaniec. W modlitwie uczestniczyli profesorowie i klerycy WSD, siostry zakonne z Płocka oraz kilku kapłanów z płockich parafii.
W sobotę, w dniu pogrzebu śp. ks. Jana, jego ciało zostało przeniesione w procesji z budynku seminarium do pobliskiego kościoła św. Jana Chrzciciela. Tam została odprawiona Msza św., której przewodniczył bp Roman Marcinkowski. W koncelebrze uczestniczyło ok. 90 kapłanów. W kazaniu Ksiądz Biskup przytoczył słowa testamentu o. Jana, który pisał, że nigdy nie żałował wyboru swojego powołania. Nawiązując do czytań mszalnych, Biskup Roman przypomniał trudy kapłańskiego posługiwania o. Łaszczyńskiego: „«Błogosławieni już teraz, którzy w Panu umierają. Zaiste, mówi Duch, niech odpoczną od swoich trudów, bo ich czyny idą z nimi» (Ap 14, 13). Jego życie było naznaczone cierpieniem i troskami. Najpierw w czasie pracy na wikariacie w Rypinie, a potem - przez ponad 40 lat posługi ojca duchownego w Niższym Seminarium Duchownym i spowiednika w WSD w Płocku”.
Po Mszy św. trumna z ciałem o. Łaszczyńskiego została przewieziona do rodzinnego miasta - Przasnysza. Mszy św. o godz. 13 w kościele pw. św. Wojciecha przewodniczył ks. kan. dr Mirosław Kosek, rektor WSD w Płocku. Eucharystię koncelebrowało ponad 80 księży. We wprowadzeniu do liturgii ks. kan. Franciszek Różański, proboszcz przasnyskiej fary, powiedział: „Powrócisz tu… Wraca do swej parafii, do swojego kościoła, gdzie przeżył Pierwszą Komunię św., prymicję, jubileusz 50-lecia kapłaństwa. Przyjechał pożegnać się. Tu będzie czekał, aż nadejdzie pełen blasku i chwały dzień Pański”.
Podczas kazania ks. prał. prof. Ireneusz Mroczkowski mówił: - Wielu z nas pamięta fresk namalowany w prezbiterium kaplicy NSD. Był na nim przedstawiony Jezus na czele gromadki uczniów. Wyobrażałem sobie - mówił Kaznodzieja - że na czele naszej gromadki uczniów NSD stoi o. Jan. On uczył nas modlitwy, religii. Szliśmy do niego jak do ojca. Ksiądz profesor zauważył, że „ta Msza św. jest pożegnaniem kapłana ojca, kapłana cierpiącego i kapłana spowiednika”. „Nie żegnamy dziś najpierw prałata, kogoś, kto sprawował funkcje w Kościele, ale z serca żegnamy ojca. Ojca, który był zawsze, po prostu był”. Wspominając jego poważną chorobę sprzed dwóch lat, były rektor WSD dodał: „To był ksiądz cierpienia. Znosił je w sposób typowo kapłański. W młodości nabawił się reumatyzmu. Ile razy leżał w szpitalu? Nigdy jednak nie mówił o trudzie. Zdumiewające było, jak wracał pamięcią do faktów, ludzi i historii. Na biurku tego siedemdziesięcioletniego staruszka leżały zawsze dwie rzeczy: włącznik do radia oraz książki historyczne i filozoficzne. Był doskonałym znawcą personalnej historii diecezji płockiej. Zdumiewająco nas tego uczył”.
Kaznodzieja wskazał także trzeci rys życia ks. Jana - jego posługę spowiednika. „Można powiedzieć, że był on o. Pio płockiego seminarium. Spowiadał od 1960 r. aż do śmierci. Wielu z nas przez niego łączyło się z Bogiem. On nigdy się nie gorszył, bo był jednym z filarów płockiego prezbiterium. Jego uniwersytetem była przasnyska ziemia, tradycja rodzinna i szkolna. Z prawdziwą wdzięcznością stajemy przy tej trumnie, by się tu odnawiać”.
Po liturgii Mszy św. ciało śp. ks. Jana Łaszczyńskiego zostało złożone w rodzinnym grobowcu na cmentarzu parafialnym w Przasnyszu.
Ludzie mówią, że śmierć zawsze przychodzi nie w porę. O. Jan gasł powoli. Przez ostatnie 4 lata - jako kleryk WSD - patrzyłem na życie tego kapłana, naznaczone wieloma krzyżami. Ale jak sam wyznał w testamencie, było to życie „radosne i niezmarnowane”. O. Jan był człowiekiem, który uczył pokolenia kleryków kapłaństwa trudnego i wymagającego. „Są groby, które łez nie chcą, ale dają żywym moc czynu”.