Mimo tak trudnej sytuacji, Pelczar całym zapałem i gorliwością oddał się swojej profesorskiej posłudze. Jako nowy profesor nie miał wpływu na sytuację uniwersytecką. Postanowił, że najpierw trzeba w miarę spokojnie rozpatrzyć się w sytuacji.
Wiele w tych pierwszych miesiącach posługi zawdzięczał ks. Krakowskiemu. Nie była to pomoc merytoryczna, bo wiedzę miał niewątpliwie wystarczającą, a zdolności dydaktyczne szły za nią w parze. Raczej chodziło o wspólne rozmowy, spotkania. Było to szczególnie potrzebne, ponieważ już od początku zdarzały się nieporozumienia, których nie prowokował, ani nie zamierzał.
Pierwszym trudnym doświadczeniem było poczucie wyobcowania. Jeszcze zanim cokolwiek można było powiedzieć o jego sposobie prowadzenia wykładów, był przez grono profesorskie traktowany jako ktoś obcy. Józef czuł ten dystans, jaki dzielił go od innych profesorów.
Przypatrzywszy się, w jaki sposób traktowano wykłady, wewnętrznie się z tym nie zgadzał. Nie mógł patrzeć spokojnie na utarty sposób przekazywania wiedzy studentom - suchy wykład, stare podręczniki, z których korzystali w układaniu wykładów, a czasem wprost je odczytywali.
Józef postanowił, że zrobi w tej dziedzinie wyłom. Do wykładów przygotowywał się długo i korzystał z najnowszych podręczników, rozczytywał się w opracowaniach. Studentom przekazywał to, czego nie mogli znaleźć w dostępnych im podręcznikach. Pozostałe tematy zadawał jako obowiązkową lekturę.
Pierwsze kroki nie były łatwe także ze strony samych studentów, zwłaszcza tych ze starszych roczników. Student jak student, szuka sposobu jak najłagodniejszego przejścia przez lata studiów. A te były rzeczywiście łatwe. I oto nagle w ten spokój monotonnego wykładu, podczas którego można było czytać interesujące książki, lub oddawać się intelektualnym „wagarom” wkracza niespokojny duch profesora. Po kilku pierwszych, wprowadzających wykładach młody profesor zaczął domagać się osobistego zaangażowania studenta.
Studenci zapisali zadane tytuły, z których winni zaczerpnąć wiedzy i uznali, że jak dotąd to wszystko. Jakież było zdziwienie, kiedy któregoś dnia nowy profesor nie zasiadł, jak to było w zwyczaju za katedrą, nie wyjął przygotowanego wykładu, ale wszedł między stoliki słuchaczy i zaczął pytać o tematy, które wcześniej zadał. Konsternacja. Pelczar czuł wewnętrzny opór i jakiś bunt w klimacie sali. Jednak nie ustąpił. Mimo żenującej sytuacji kompletnej niewiedzy i nieznajomości zadanego materiału, konsekwentnie odpytywał kolejnych studentów. Niewiele osiągnął. Po zaplanowanym czasie dyskursu, od którego oczekiwał ciekawych rozmów, dyskusji, a których nie było, podjął kolejny temat i po zakończeniu wykładu podał kolejne tematy, do których studenci mieli przygotować się samodzielnie. Nie zwracał uwagi na szmer niezadowolenia.
Kolejne spotkanie było już nieco inne. Znaleźli się gorliwi, którzy na serio przyjęli nowy styl i widać było, że sięgnęli do podręczników. Wtedy Józef odkrył kolejny problem. Studenci, jak to zauważył, czytali zadany tekst, ale nie rozumieli go, a co gorsza, nie umieli się właściwie wysłowić. To już jednak utwierdziło Pelczara, że metoda jest słuszna.
- Bardzo się cieszę, że dzisiaj nasza rozmowa nie była już tak milcząca jak poprzednio. Będziemy ten sposób naszych spotkań kontynuować. Jako księża słowem będziecie głosić orędzie Dobrej Nowiny. Zatem to wasze podstawowe narzędzie posługi. Trzeba go więc doskonalić i temu winny służyć nasze spotkania.
Młodzi przyjęli te słowa bez komentarza. Nie odczuł też entuzjazmu. Już wkrótce okazało się, że sprawa była szeroko komentowana w gronie starych profesorów. Bez kamuflażu wyrażali swoją dezaprobatę dla nowych sposobów dydaktycznych przybysza z Przemyśla. To, bardziej niż opór czy nieudolność studentów dotknęło Józefa. Dał temu wyraz w rozmowie z ks. Krukowskim.
- Cóż - odrzekł Józef - gwałtownicy zdobywają Królestwo Boże, a pewnie i trzeba dodać, że i królestwo wiedzy i nauki. Musisz to przetrzymać. Słyszałem, zanim to do Ciebie dotarło, sarkania na nowinkarstwo, jak to określili. Studenci owszem, z początku byli oporni. Nawet skarżyli się do starszych profesorów szukając sposobu ucieczki od wymagań. Oni dobrze znają tych ludzi, chociaż muszę powiedzieć, nie cenią ich wysoko. Spotkałem jednak jednego ze studentów, który powiedział, że ten sposób prowadzenia wykładu zaczyna zyskiwać wielu zwolenników. Studenci przestali się nudzić. Ów dialog na początku wykładu, ożywia. Ale nie to zyskało Ci szacunek, lecz fakt, że zobaczyli, iż nie wymagasz tylko od nich, ale nade wszystko sam mozolnie przygotowujesz wykład. Przez zupełny przypadek rozmawiałem z jednym ze studentów. Mniejsza o nazwisko. Nie wiedział, że jesteśmy kolegami i dał piękne świadectwo. Oto, co powiedział: „Ksiądz Pelczar swoją funkcję na katedrze pojmuje jako zadanie apostolskie. Kiedy wykłada odczuwamy, że czyni to z miłości do spraw Bożych. To sprawia, że nawet trudne, oschłe tematy ożywają na jego wykładach, zaczynają tętnić życiem. Zawstydza, ale i mobilizuje nas do gorliwości to, że odsłania swoją miłość do kapłaństwa, swoje zatroskanie o umiłowanie przez nas drogi posługi”.
Bardzo potrzebna była ta rozmowa. Przekonała Józefa, że trzeba iść tą drogą. Przestał martwić się o siebie. Czuł intuicyjnie, że metoda ta przyniesie owoce, że uda się przekonać opornych.
Innym powodem smutku było niezrozumienie i posądzenie go o próbę wywyższania się nad innych. Obok wykładów postanowił odwdzięczyć się franciszkanom za gościnę, tak jak umiał. Codziennie odprawiał w ich kościele Mszę św., spowiadał, ale też chętnie podejmował się głoszenia kazań. Nigdy nie myślał, żeby z kimś konkurować. Zawsze sumiennie przygotowywał się do tej posługi. Okazało się, że krnąbrni krakowianie szybko docenili jego kazania. Niemal przekazywano sobie wiadomości, o tym, że kazanie będzie głosił Pelczar i wtedy w kościele pojawiała się liczna grupa wiernych. Cieszyło to Józefa i przyjmował to z radością. Ani w głowie miał chęć konkurowania. A jednak. Znowu któregoś dnia spotkawszy się z Krakowskim usłyszał.
- Ani sobie nie myślałem, że taki to trudny chleb. Że też Ciebie to ciągle musi spotykać.
- Co się znowu dzieje? - niespokojnie zapytał Pelczar.
- Ano dzieje. Widzisz, jest tu w Krakowie ks. Golian. Utarła się opinia, że to pierwszy kaznodzieja miasta. Soliński w to uwierzył i bardzo mu to imponowało. Teraz zaczęły go dochodzić głosy o Twoich duszpasterskich i kaznodziejskich sukcesach. Bardzo go to zabolało i zaczął rozpowiadać, że robisz to specjalnie przeciw niemu.
- Wiesz, już nie wiem, co robić. Ani mi w głowie konkurowanie z kimkolwiek.
- Przecież wiem, że masz czyste intencje. Spokojnie, przecież nie możesz za przeproszeniem „ględzić” tylko po to, by zaspokoić czyjeś ambicje, lekceważąc słuchacza.
Pelczar szybko pożegnał się z Krukowskim. Chciał zostać sam. Poszedł do świątyni. Przed obrazem Matki Bożej, przed którym codziennie sprawował Najświętszą Ofiarę długo klęczał. Kiedy wrócił do mieszkania zapisał w swoim dzienniczku: „Już pierwsze moje kazania zjednały mi niemałą sławę u kapryśnej publiczności krakowskiej, a gdy jedni wynosili mię pod niebiosa (acz niesłusznie), drudzy starali się poniżyć, uważając mnie (znowu niesłusznie) za współzawodnika znakomitego kaznodziei ks. Zygmunta Goliana. Nawet do spraw Bożych mieszają się słabości ludzkie”.