Nabożeństwo czerwcowe 7 czerwca 1999 r. to niezapomniana karta historii młodej diecezji toruńskiej. Do Grodu Kopernika przybył długo oczekiwany Ojciec Święty Jan Paweł II. Podczas swej siódmej pielgrzymki do Ojczyzny Papież dokonał aktu beatyfikacji ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, męczennika z Dachau.
Dla upamiętnienia tego wzruszającego i serdecznego spotkania mieszkańców Torunia z Janem Pawłem II, dekretem biskupa toruńskiego Andrzeja Suskiego, została powołana wspólnota parafialna pw. bł. ks. Stefana W. Frelichowskiego. Wspólnocie tej powierzono budowę kościoła. Projekt świątyni autorstwa inż. Andrzeja Ryczka powstał w oparciu o piękny ołtarz, wystylizowany na nawę gotyckiej katedry, przy którym Ojciec Święty odprawił nabożeństwo czerwcowe na toruńskim lotnisku. 8 września 1999 r., w święto Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, na placu przeznaczonym pod budowę kościoła została odprawiona pierwsza Msza św. przez ks. Ryszarda Domina, mianowanego na proboszcza nowej parafii. Jej patronem jest kapłan, który - jak powiedział Jan Paweł II - „dał czytelne świadectwo swego oddania Bogu i ludziom”. Niedawno parafia świętowała 5. rocznicę swojego powstania.
Wierni, obdarzeni tak szczególnym wyróżnieniem, prosząc o wstawiennictwo swojego patrona bł. ks. Stefana i zawierzając się Bożej Opatrzności, podjęli trud wypełnienia powierzonego im dzieła budowy kościoła. Na początku powstawania tej Bożej budowli zrodziło się w nich przekonanie, że musi to być dzieło serc, modlitwy, pracy i ofiarności - świadectwo ich wiary. Na początku też powierzono się Maryi Matce Nieustającej Pomocy, patronce diecezji, by budowanie odbywało się pod Jej matczynym, czułym wejrzeniem.
Wielu, przeżywając radość z narodzin swojej parafii, zaangażowało się w to dzieło.
Zanim podjęto budowę kościoła, zawiązano wspólnotę, w której każdy znalazł swoje miejsce. Pan Bóg błogosławił swoim wiernym, powołując do posługi dzieci, młodzież i dorosłych, całe rodziny. Jakiś czas wierni gromadzili się na Eucharystii w kaplicy powstałej z wojskowych namiotów. I choć była to mała, prowizorycznie urządzona przestrzeń, atmosferę w niej panującą wierni wspominają do dzisiaj. Nieopodal wyłaniały się mury budowanej kaplicy, w części domu parafialnego. Z czasem pożegnano się z „kaplicą pod namiotami”, by już w murach tego domu, będąc u siebie, organizować życie parafialne.
W ciągu 5 lat istnienia parafii powstały: Rada Duszpasterska, Rada Budowlana, Wspólnota Żywego Różańca, dziecięca i dorosła grupa liturgiczna, schola, grupa ministrantów i lektorów, modlitewna grupa młodzieży, Wspólnota Duchowej Adopcji, Stowarzyszenie Rodzin Katolickich. Bardzo młoda parafia przeżyła też swoje misje ewangelizacyjne i nawiedzenie obrazu Jezusa Miłosiernego.
Równocześnie z troską o rozwój wspólnoty ruszyły prace budowlane. W pierwszą rocznicę powstania parafii bp Andrzej Suski dokonał poświęcenia placu budowy. Dwa lata później bp Józef Szamocki wmurował kamień węgielny. Po pięciu latach ukończono podpiwniczenie kościoła i prace przy wszystkich 6 kolumnach. Coraz wyraźniej zarysowuje się kształt pięknej świątyni z charakterystycznymi absydami, które nadadzą niepowtarzalną atmosferę jej wnętrzu. Obecnie zalewane są betonem poszczególne głowice kościoła.
W trud budowy świątyni wspólnie z Księdzem Proboszczem i parafianami włączyli się także liczni darczyńcy, wśród których są osoby prywatne, rodzime firmy, uczestnicy minipielgrzymki, osoby z kraju i z zagranicy. W świecie, w którym żyjemy, w świecie, w którym tak wiele zdarzeń było i jest świadectwem burzenia Bożego ładu, uczestniczenie w budowaniu więzi wiary, nadziei i miłości jest szczególną łaską naszego Pana.
W niedzielę 12 września, w 5. rocznicę parafianie zgromadzili się na uroczystej Eucharystii. Mszę św. dziękczynną celebrował ks. prał. Stanisław Majewski, kustosz sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Toruniu. W tym świętym zgromadzeniu uczestniczyli również liczni goście, a wśród nich rodzina Patrona parafii, projektant Andrzej Ryczek, konstruktor Jerzy Mowiński, kierownik budowy Czesław Borkowski i przewodniczący Rady Miasta Józef Jaworski. W homilii ks. Stanisław Majewski, nawiązując do Ewangelii o Dobrym Pasterzu, wypowiedział jakże ważne słowa: „Każda świątynia Pańska jest znakiem obecności Boga, który jak Dobry Pasterz poszukujący zaginionej owcy ma zawsze ręce otwarte i wychodzi naprzeciw człowiekowi. Każda świątynia jest zewnętrznym znakiem tych działań Bożych, by człowiek nie zamykał się i nie próbował rozwiązywać swoich problemów w pojedynkę, by przyjmował Miłosierną Miłość Boga”.
Jak co roku, po uroczystej Eucharystii odbył się festyn parafialny, z którego dochód przekazany zostanie na konto budowy kościoła. Przybyli liczni goście, a wśród nich posłanka na Sejm RP Anna Sobecka, przyjaciel budowy kościoła. Można było posłuchać dobrej muzyki, posilić się smakowitymi daniami, wziąć udział w loterii z cennymi nagrodami, wspólnie przeżywać radość spotkania. Dla dzieci przygotowano wiele atrakcji, a wśród gier i zabaw konkurs rysunkowy pt. Życie i działalność bł. ks. Stefana Frelichowskiego. Wieczorem odbył się uroczysty Apel Jasnogórski, w czasie którego Ksiądz Proboszcz poprosił Maryję, by czuwała w parafii nad rozwojem żywej wspólnoty i nad wszystkimi podejmowanymi pracami.
Tradycją stało się też wspólne pielgrzymowanie przeżywane jako czas dziękczynienia Bogu za wszelkie dobro, które stało się udziałem parafii w kolejnym roku jej istnienia, oraz czas odnowienia zapału, wyciszenia i nabrania nowych sił. W rocznicę małego jubileuszu 5-lecia parafii wierni udadzą się z pielgrzymką do sanktuariów maryjnych w Gietrzwałdzie i Świętej Lipce, by podziękować Maryi, Matce Kościoła, za Jej opiekę.
Ks. Stefan Wincenty Frelichowski, młody i radosny kapłan, męczennik, „człowiek pokoju”, „heroiczny świadek miłości pasterskiej”, dzisiaj błogosławiony i oddany jako patron młodej, budującej kościół wspólnocie niech wstawia się za wszystkimi, którzy współpracując z łaską Bożą, oddają Bogu swoje życie, każdy według swoich sił i możliwości.