Był pierwszym proboszczem parafii św. Krzyża i jego budowniczym, współorganizował wizytę św. Jana Pawła II w Zakopanem w 1997 r. Był honorowym obywatelem tego miasta. 26 i 27 czerwca odbyły się w stolicy polskich Tatr uroczystości pogrzebowe ks. prałata Stanisława Szyszki.
W drugim dniu uroczystości przewodniczył im kard. Stanisław Dziwisz, metropolita senior archidiecezji krakowskiej i bp pomocniczy archidiecezji krakowskiej Robert Chrząszcz. Kard. Dziwisz powiedział, że ks. Stanisław Szyszka był wrażliwy na sprawy Kościoła, archidiecezji i ojczyzny. - Niech się modli dalej, w inny sposób, za prezbiterium krakowskie, o nowe powołania kapłańskie, o Polskę, aby była wierna Chrystusowi, żeby nie schodziła z tej drogi - zaznaczył hierarcha z Krakowa.
