Kościół na Żytniej jest jedynym obiektem sakralnym w Warszawie, który nie został do dzisiaj całkowicie odbudowany ze zniszczeń wojennych. Najpierw nie pozwalały na to władze komunistyczne. W stanie wojennym świątynia była znana ze spotkań opozycji i świata artystycznego. Tu Andrzej Wajda wystawiał swój słynny Wieczernik. Artystów bardzo pociągała oryginalna architektura, ruiny, specyficzny klimat i dlatego bardzo chętnie występowali na Żytniej. - Była to oczywiście ważna działalność, ale sądzę, że nieco utrudniła tworzenie dopiero co erygowanej parafii. Goście stali się trochę ważniejsi od domowników. To tak jak w rodzinie, kiedy rodzice przyjmują gości, a dzieci pozostają na uboczu - mówi ks. Polak.
Długie lata kościół pozostawał w stanie nienaruszonym. Tymczasem przybywało parafian, którzy z trudem mieścili się we wnętrzu świątyni. Dach z tworzywa sztucznego powodował, że zimą liturgia musiała się odbywać w dolnym kościele. Były trudności z ogrzaniem kościoła. Następowała powolna degradacja wypalonych murów. Zaczęło to zagrażać bezpieczeństwu wiernych.
Ks. Polak, kiedy został proboszczem, postanowił temu zaradzić. Przystąpił do remontu i ratowania świątyni przed całkowitym zniszczeniem. - Kościół parafialny nie może być trwałą ruiną. Pozostawienie świątyni bez remontu może być w dodatku robieniem pomnika faszystom i komunistom, pierwsi dokonali zniszczeń, drudzy nie pozwolili odbudować. Nie chcemy, aby profanacja dokonana prze faszystów była obiektem kultu i fascynacji. Wracamy do korzeni tego miejsca, do pięknej i utrzymanej w czystości kaplicy, która w swej architekturze i wystroju mówić nam będzie, że miłosierdzie zwycięża grzech. Bo to właśnie tajemnica Miłosierdzia Bożego, a nie okrucieństwo wojny, jest głównym przesłaniem tego kościoła - podkreśla Ksiądz Proboszcz.
Kilka tygodni temu szybko i sprawnie została otynkowana lewa nawa i prezbiterium kościoła. Zaprotestował przeciwko temu wojewódzki konserwator zabytków. - A przez minione 2 lata, pomimo moich pism, spotkań i konsultacji, nie podejmował żadnych decyzji - mówi ks. Polak.
Przeciwko remontowi kościoła szczególnie mocno zaprotestowała jedna z gazet codziennych. Argumentowano w niej, że tynkując poorane pociskami ściany, proboszcz niszczy wartość niezwykłego, historycznego obiektu i zaciera to, co w nim najcenniejsze.
Większość parafian opowiada się jednak za remontem. - Proboszcz robi bardzo dobrą robotę. Chcemy modlić się w odpowiednich warunkach, a nie ciągle martwić się, że nasz kościół z dnia na dzień niszczeje. Już i tak o wiele za długo pozostawał w opłakanym stanie - mówi parafianka, która chce zachować anonimowość. Inna spotkana przeze mnie parafianka nie jest już taka jednoznaczna. - Remont popieram, bo rozumiem, że jest konieczny, ale stare wnętrze bardziej mi się podobało - twierdzi.
Ks. Polak nie zamierza rezygnować z dalszego remontu. Najpilniejszą pracą jest obecnie remont dachu, potem wieży i podziemi. W dalszych planach, być może, wydłużenie kościoła i jego „odwrócenie”, tak, aby główne wejście było od ul. Żytniej.
Historia kościoła Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny związana jest ze Zgromadzeniem Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, które powstało w Warszawie w 1862 r. Głównym charyzmatem zakonu była opieka nad moralnie zaniedbanymi dziewczętami i kobietami. W 1872 r. na miejscu istniejącej uprzednio drewnianej kaplicy zbudowano niewielki murowany kościół na planie prostokąta z absydą. Ponieważ budowę prowadzono w czasach carskiego terroru, kościół od strony Żytniej ukryto za fasadą budynku. Wejście główne umieszczono od strony ogrodu sióstr.
W latach 1936-1938, podczas rozbudowy zakładu, powiększono kościół, dodano nawę boczną, poszerzono prezbiterium i zbudowano dzwonnicę. W czasie okupacji kościół znalazł się tuż przy murach Getta i dlatego był miejscem ucieczki i pomocy dla ludności żydowskiej, szczególnie dla młodzieży. W czasie Powstania Warszawskiego był tu jeden z głównych punktów oporu powstańców. W sierpniu 1944 r. kościół i inne budynki spłonęły, a większość sióstr i wychowanek wywieziono do obozu koncentracyjnego.
W okresie powojennym władze komunistyczne nie pozwalały odbudować kaplicy i zakładu Sióstr Miłosierdzia. W 1980 r. kard. Wyszyński erygował parafię Miłosierdzia Bożego i przydzielił jej byłą kaplicę sióstr jako kościół parafialny.