Urodził się 10 kwietnia 1936 r. w Bełżycach jako syn Bronisława i Heleny z domu Wójtowicz. Ochrzczony został 12 kwietnia 1938 r. w parafii Nawrócenia św. Pawła w Bełżycach. W tejże parafii, 9 października 1949 r. przyjął także sakrament bierzmowania przez posługę bp Piotra Kałwy.

Swoją edukację rozpoczął od szkoły podstawowej w Bełżycach. Po jej ukończeniu w 1951 r., dalszą naukę kontynuował w Gimnazjum Biskupim w Lublinie. Po uzyskaniu świadectwa dojrzałości postanowił wstąpić do Wyższego Seminarium Duchownego w Lublinie. Proboszcz parafii Bełżyce w opinii przed przyjęciem do seminarium napisał: „Stefan Wójtowicz jest wzorowym młodzieńcem, często uczęszczającym do sakramentów świętych i rokującym na dobrego alumna”.

Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk bp Piotra Kałwy w katedrze lubelskiej, 9 kwietnia 1961 r.

Pierwszą jego stałą placówką duszpasterską była parafia św. Jana Chrzciciela w Dysie, następnie parafie: Wniebowzięcia NMP w Buśnie, Trójcy Przenajświętszej w Popkowicach, Narodzenia NMP w Krzeszowie, Zwiastowania NMP w Tomaszowie Lubelskim i Wniebowzięcia NMP w Dzierążni.

W dniu 13 maja 1983 r., ks. Stefan Wójtowicz otrzymał dekret ustanawiający go administratorem parafii Wniebowzięcia NMP w Dzierążni. Jednak rok później bp Bolesław Pylak mianował go z dniem 26 października 1984 r., proboszczem parafii św. Stanisława BM w Wielączy z misją budowy nowego kościoła parafialnego.

O pracy w parafii Wielącza ks. Stefan Wójtowicz napisał:

„Rozpoczęła się mordercza praca, gdyż z marszu trzeba było budować i starać się o wszystkie materiały budowlane, a w tym czasie dostać cegłę, stal, cement graniczyło z cudem. W ciągu czterech i pół roku przejechałem 240.000 km za materiałami, ale kościół udało się wybudować siłami tylko parafian”.

Po powstaniu Diecezji Zamojsko-Lubaczowskiej, ks. Stefan miał spore zasługi przy budowie Domu Diecezjalnego przy Kurii Diecezjalnej w Zamościu oraz Kolegium Katechetycznego w Zamościu.

Bp Jan Śrutwa powierzył ks. S. Wójtowiczowi urząd ekonoma diecezji oraz dyrektora Caritas. Był również przewodniczącym Komisji ds. Gospodarczych Wyższego Seminarium Duchownego, a także pełnił funkcję przewodniczącego Rady Ekonomicznej Katolickiego Radia Zamość.

Biskup Lubelski Bolesław Pylak mianował ks. Stefana Wójtowicza kanonikiem honorowym Kapituły Zamojskiej, Biskup Zamojsko-Lubaczowski Jan Śrutwa kanonikiem gremialnym Kapituły Katedralnej w Zamościu, a Ojciec Święty Benedykt XVI, nadał ks. Wójtowiczowi godność prałata.

W dniu 24 kwietnia 2006 r. ks. prałat S. Wójtowicz zgłosił biskupowi diecezjalnemu gotowość przejścia na emeryturę z racji ukończenia 70 roku życia.

Bp Wacław Depo napisał:

„W związku z przejściem, w najbliższym czasie, Księdza Prałata w stan emerytalny pragnę w obecności Prezbiterium Diecezji Zamojsko-Lubaczowskiej wyrazić swoją wdzięczność za wieloletnią pracę duszpasterską na różnych placówkach w Diecezji Lubelskiej i Diecezji Zamojsko-Lubaczowskiej. Szczególnie dziękuję za 24 lata proboszczowania w Parafii Wielącza, które zaowocowało dojrzałym duszpasterstwem o czym świadczą ruchy i wspólnoty formacyjne. Dobitnym i trwałym przykładem jest również nowy i piękny kościół. Dziękuję także za przykładną i gorliwą pracę w dziedzinie administracyjnej i gospodarczej, na rzecz Diecezji od początku jej powstania”.

Ks. Wójtowicz w kapłańskim testamencie napisał:

„Czuję się w kapłaństwie szczęśliwy i potrzebny. Wszystkich proszę o modlitwę za moją grzeszną duszę.

Jeżeli kogokolwiek obraziłem – serdecznie przepraszam. Jeżeli kogokolwiek zgorszyłem niech mi tego nie pamięta, a Bóg miłosierny niech mi wybaczy. Nie żywię urazy ani niechęci do nikogo, wszystkim przebaczam i wszystkich o wybaczenie proszę.

Do zobaczenia ze wszystkimi w Domu Ojca jeżeli na to zasłużę”.

Msza św. pogrzebowa została odprawiona w sobotę, 27 lipca 2024 r., w kościele parafialnym w Wielączy pod przewodnictwem bp. Mariusza Leszczyńskiego. We Mszy św. uczestniczył bp senior Jan Śrutwa, 80 kapłanów z diecezji zamojsko-lubaczowskiej i archidiecezji lubelskiej oraz ogromna liczba osób przybyłych z różnych parafii.

Po Mszy św. ciało śp. ks. prał. Stefana Wójtowicza zostało złożone w grobowcu na cmentarzu w Wielączy.

Requiescat in pace!