Krucyfiks powstał w początkach XVI w. w nieznanym, zapewne niemieckim warsztacie. Drewniana rzeźba przedstawia Chrystusa tuż po zgonie, rozpiętego na krzyżu, z głową w koronie cierniowej, z biodrami przepasanymi perizonium. Naturalistyczny sposób ujęcia podkreśla polichromia oddająca karnację ciała, a także peruka z prawdziwych włosów. Tego rodzaju zabiegi były częste w późnym średniowieczu.

Dzieło trafiło do Warszawy w 2. ćw. XVI w. za sprawą rajcy miejskiego Jerzego Baryczki, który, wg przekazów, miał je przywieźć z Norymbergi lub Wrocławia. Umieszczone w najważniejszej świątyni miasta – archikatedrze św. Jana Chrzciciela – zmieniało kilka razy usytuowanie.

Początkowo krucyfiks wisiał w nawie, w pobliżu kruchty. Kiedy podczas huraganu w 1602 r. zawaliła się wieża, niszcząc sklepienia i część wyposażenia, wizerunek Chrystusa pozostał nienaruszony, co uznano za cud. Ocalony krzyż na polecenie Zygmunta III zawieszono w ołtarzu Oczyszczenia NMP, a w 1639 r. przeniesiono do ufundowanego przez rodzinę Baryczków ołtarza w kaplicy Wodyńskich. Po 1716 r. krucyfiks trafił na swoje docelowe miejsce, do kaplicy przy prezbiterium – wzniesionej staraniem Stanisława Kleinpoldta-Małopolskiego, sekretarza królewskiego – zwanej „Baryczkowską” wskutek wcześniejszych donacji.

Przez wieki krucyfiks był otaczany szczególną czcią. Modlili się przed nim królowie i wodzowie. Pod nim odprawiano nabożeństwa otwierające sejmy. Towarzyszył ważnym faktom historycznym. Był wreszcie świadkiem i uczestnikiem wydarzeń, jakie rozegrały się w Warszawie 80 lat temu.

16 sierpnia 1944 r. na skutek ostrzału i wybuchu bomby runęła część ścian katedry, ogień strawił dach i wypalił wnętrza. Ale kaplica z drewnianym krucyfiksem ocalała. Bezcenną figurę Chrystusa wyniósł z płonącej świątyni ks. Wacław Karłowicz. Kapelanowi AK pomogły sanitariuszki z batalionu „Wigry”: Barbara Gancarczyk i Teresa Potulicka-Łatyńska. Sam krzyż pozostał na miejscu i później trafił do kościoła seminaryjnego.

Rzeźbę wraz z odjętymi dla ułatwienia transportu rękami przeniesiono piwnicami poza mury Starego Miasta, do podziemi kościoła Dominikanów, gdzie był szpital polowy. W panującym półmroku figura została nawet przez ks. Henryka Cybulskiego wzięta za martwego powstańca i pomyłkowo namaszczona olejami świętymi.

Po upadku powstania rzeźba Chrystusa trafiła do kościoła św. Anny, a w 1945 r. do kościoła pokarmelickiego, gdzie zawisła na swoim pierwotnym, ocalałym krzyżu. W 1948 r. w uroczystej procesji krucyfiks powrócił do odbudowywanej katedry, do kaplicy Baryczków, która przetrwała wojnę.

W 2019 r. rzeźba była konserwowana w Muzeum Archidiecezji Warszawskiej przez prof. Marię Lubryczyńską z ASP, co dało okazję do spotkań ze świadkiem powstańczej historii krucyfiksu Barbarą Gancarczyk.

Ocalony z wojennego Armagedonu Krucyfiks Baryczkowski, jeden z nielicznych, zachowanych w Warszawie zabytków późnośredniowiecznych, jest dziś nadal otaczany szczególną czcią.