Nabożeństwo do Najświętszej Panny Maryi wyniósł J. S. Pelczar z domu rodzinnego już od najwcześniejszych lat. Matka zadbała o zapewnienie mu Jej opieki, gdyż jeszcze przed urodzeniem ofiarowała swe dziecko Maryi przed Jej obrazem w Leżajsku. Nauczyła go we wszystkich ważnych chwilach życia do Niej się udawać, by - jak mówił - "z Nią się naradzać, jak dalej życie urządzać". U Maryi szukał zawsze rady, światła i pociechy. Matka Boża była dla niego "cudem łaski i Mistrzynią życia duchowego". Co miesiąc odprawiał jedną Mszę św. na podziękowanie Panu Bogu za Niepokalane Poczęcie Najświętszej Maryi Panny i za łaski przez Nią wyjednane. Maryja była dla niego wzorem przyjęcia woli Bożej i wszystkiego, co Bóg daje. Pragnąc, by spełniała się w nim wola Bożego Serca, wpatrywał się w Bogarodzicę, która oddychała i żyła wolą Bożą, której każde uderzenie serca było ciągłym "niech mi się stanie", zarówno w radości zwiastowania, jak i w cierpieniu, gdy stała pod krzyżem na Kalwarii. Wszystkie ważniejsze sprawy i najróżniejsze trudności życia rozwiązywał na klęczkach u Jej stóp. W jego kazaniach i rozważaniach maryjnych nie znajdziemy wielu problemów czysto teologicznych o Matce Bożej, znajdziemy natomiast liczne wywody o Jej roli w stosunku do nas i o naszej do Niej. Pobożność maryjna J. S. Pelczara mieściła w sobie dwie relacje: Matka - syn oraz Królowa - sługa. Wynikiem ich skojarzenia była żywiołowa cześć dla Maryi Matki jako Królowej Polski.
Rola Maryi nie ogranicza się do życia wewnętrznego pojedynczych ludzi, rozciąga się bowiem na cały Kościół. Bp. Pelczara można bez żadnej przesady nazwać prekursorem współczesnego ruchu maryjnego w Kościele, ponieważ on już w XIX w. czcił Matkę Bożą jako Matkę Kościoła i Królową świata. Widział ścisłą analogię pomiędzy macierzyństwem duchowym Maryi, a macierzyństwem Kościoła: "Przez Maryję potrzeba iść do Jezusa, jako przez Jezusa idziemy do Ojca; bez Maryi nie ma Jezusa, bez Jezusa nie ma Ojca Niebieskiego" (z Życia duchownego t. II). Zachęcał do codziennego odmawiania modlitwy Anioł Pański. Zewnętrznym znakiem pójścia drogą duchową Maryi jest noszenie szkaplerza lub medalika oraz różańca. Medalik, wg J. S. Pelczara, jest jak tarcza, która chroni przed wrogiem; różaniec jest jak miecz u boku. Różaniec jest "księgą Maryi", w której życie Jezusa splata się nierozerwalnie z życiem Jego Matki.
Bardzo uroczyście wraz z wiernymi obchodził święta ku czci Matki Bożej, jak i koronacje Jej wizerunków. Jako Pasterz polecił zaprowadzić we wszystkich kościołach diecezji przemyskiej Sodalicje Mariańskie i Bractwo Różańca. Uczestniczył i sam organizował Kongresy Mariańskie. Pobożność maryjna bp. Pelczara obejmowała wszystkie Jej przywileje i tytuły, Jej cnoty i funkcje w życiu Kościoła, narodu i poszczególnych osób. Ideą wiodącą był jednak kult Maryi - Niepokalanie Poczętej i Królowej Korony Polski. Stąd liczne akty poświęcenia siebie, diecezji i Ojczyzny Najświętszemu Sercu Jezusowemu, powołując się na wstawiennictwo Maryi Królowej Polski. Z jego inicjatywy założono w Krakowie Bractwo Najświętszej Panny Maryi Królowej Korony Polskiej, które miało na celu wypełnianie ślubów Jana Kazimierza i pracę na polu społecznym.
W założonym przez siebie Zgromadzeniu Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego (Siostry Sercanki) po Sercu Jezusowym, na którym koncentruje się duchowość Zgromadzenia, Maryja jest główną jego Patronką. Był niestrudzonym pątnikiem Maryi w Jej licznych sanktuariach w kraju i za granicą. Nic więc dziwnego, że zyskał sobie przydomek Homo Marianus.
Na kanwie tych skromnych rozważań można powiedzieć, że pobożność maryjna bp. Pelczara była nie tylko biernym oczekiwaniem pomocy od Matki Bożej, ale uwielbieniem Boga za wielkie dzieła, jakich w Niej, a przez Nią dla nas uczynił i podejmowaniem z miłości ku Niej czynów osobistych i społecznych. W tak pojętym nabożeństwie do Maryi, Matki i Królowej Narodu Polskiego widział źródło odnowy religijnej Polaków, ich duchowej siły, jedności, solidarności, nadziei na nowe odrodzenie się Ojczyzny.
Można by snuć refleksje, na ile maryjne dzieło bp. Pelczara i innych wybitnych czcicieli Maryi w Polsce przygotowało duchowy klimat, w którym wzrastał wielki Prymas Tysiąclecia, stawiający wszystko na Maryję, i Ten, który we wszystkich sanktuariach maryjnych świata i w każdej chwili swego życia, a także życia Kościoła, którym kieruje, mówi do Niej pokorne: "Totus Tuus".
Posłannictwo chrześcijanina jest tak podobne do posłannictwa Matki Zbawiciela - nieść światu Chrystusa. Cała wielkość Matki Bożej polega na tym, że dała ludziom Chrystusa. Cała wielkość chrześcijanina polega na tym samym. Pokazać swoim życiem codziennym, jak wielka, jak piękna i jak wartościowa jest Ewangelia. Jeśli chcesz być świętym, "na nowo rozpocznij od Chrystusa" w towarzystwie i w szkole Jego Najświętszej Matki. Wplataj różaniec w codzienne dni twego życia idąc za przykładem życia świętego biskupa J. S. Pelczara i wezwaniem Ojca Świętego Jana Pawła II, które kieruje do nas na obecne czasy.