Decyzję o wykonaniu tych prac podjął ksiądz proboszcz Aleksander Śmietana wraz z Radą parafialną kilka lat temu. Podyktowana ona była niezbyt dobrze zachowanym stanem wizualnym oraz pragnieniem upiększenia najważniejszej części świątyni. Wcześniejszy wystrój prezbiterium pochodził z 1971 r. i zaprojektowała go Hanna Szczypińska. Wykonano wówczas, staraniem ks. Kazimierza Dzierwy, nowy ołtarz tzw. posoborowy, przystosowany do celebrowania odnowionej liturgii. W tym celu zmieniono całe prezbiterium, m.in. dla lepszej widoczności z nawy podwyższono je oraz usunięto przeszło stuletnią starą nastawę ołtarzową. Na ścianie w głębi zamontowano tabernakulum na kamiennej półce. W centrum umieszczono krzyż, przy którym wykonano postacie Matki Bożej i św. Jana, zastąpione później symbolami siedmiu sakramentów świętych. Ołtarz i ambonkę z żółtego trawertynu wykonał Kazimierz Zbigniew Czarnota z Rzeszowa. Był to pierwszy posoborowy ołtarz wykonany przez tego artystę. Ołtarz konsekrował 2 stycznia 1972 r. bp Józef Gucwa.

Po ponad czterdziestu latach pojawiła się konieczność odnowienia prezbiterium. Nowy ołtarz, ambonkę, chrzcielnicę i podstawę pod paschał zaprojektował Marcin Szczepaniak z Rzeszowa. On sam wykonał metaloplastykę we współpracy z synem Kazimierza Zbigniewa Czarnoty. W nowy ołtarz wkomponowano elementy z wcześniejszego. Podobny zabieg wykonano w latach 70. XX wieku. W obecnym ołtarzu umieszczono zarówno fragmenty miejsc konsekracji, jak i znajdujące się tam wcześniej relikwie świętych męczenników z VI wieku – Herkulana i Probusa. Wraz z pracami przy nowym wystroju prezbiterium renowacji poddano także posadzkę z białego marmuru. Prezbiterium odnowiono staraniem ks. Aleksandra Śmietany z dobrowolnych składek parafian, którzy od wielu lat dokładają wszelkich starań, aby świątynia w Nockowej była godnym miejscem dla szerzenia chwały Bożej i sprawowania sakramentów.

Parafia w Nockowej powstała prawdopodobnie w 2. połowie XIV wieku i istnieje nieprzerwanie do dzisiaj. Pierwsza wzmianka o parafii pochodzi z 1470 r. Trudno ustalić, którym z kolei poświęconym gmachem jest obecna świątynia w Nockowej. Wiadomo jednak, że w XVIII wieku przeniesiony został tutaj z Ropczyc drewniany (pochodzący z 1556 r.) kościół pw. Ducha Świętego. 15 grudnia 1852 r. został on zniszczony przez pożar. Na tym miejscu w 1859 r. wzniesiono obecny kościół, według projektu P. Hohera z Rzeszowa, staraniem ks. Stanisława Nikliborca, przy wsparciu finansowym dziedzica Wiśniowej Leopolda Szumskiego. Świątynię konsekrował 23 lipca 1869 r. biskup tarnowski Józef Alojzy Pukalski. W późniejszych latach kościół był rozbudowywany. Nawy boczne dobudowano w 1897 r. wg projektu Karola Dziewońskiego. Kolejna przebudowa miała miejsce w latach 1957-59, gdy, według planów Antoniego Mazura, dobudowano wieżę oraz kaplicę i zakrystię. Poświęcenia wieży dokonał bp Michał Blecharczyk 31 maja 1959 r. Kilkakrotnie zmieniany był także wystrój wnętrza świątyni. W latach 1979-82 nad nawą główną i prezbiterium dokonano wymiany konstrukcji drewnianej dachu na stalową z zachowaniem dotychczasowego kształtu, a także wymiany stropu kościoła. Pokryto go drewnianymi sześciobocznymi kasetonami składającymi się na kształt plastra miodu. Międzynimi znajdują się malowidła wykonane przez Macieja Kauczyńskiego z Krakowa, który w latach 1982-87 zaprojektował i wykonał obecne wnętrze kościoła.