W czasie wojny Zofia Kossak działała w konspiracji w Warszawie. Opublikowała m.in. protest przeciw zbrodniom niemieckim na Żydach w okupowanej Polsce, będący głosem środowiska katolików w sprawie Holocaustu. Była współzałożycielką Rady Pomocy Żydom „Żegota”. Osobiście pomagała ukrywającym się po „aryjskiej stronie” Żydom, dostarczając im pieniądze i fałszywe dokumenty. W 1943 r. została aresztowana i wywieziona do obozu Auschwitz-Birkenau (pół roku wcześniej zmarł tam jej syn z pierwszego małżeństwa Tadeusz Szczucki; pisarka do końca życia nie poznała jego losów, myślała, że jej najstarszy syn ocalał z wojny). W 1944 r. Niemcy zidentyfikowali jej prawdziwe nazwisko. Została skazana na śmierć, jednak władze podziemia doprowadziły do jej uwolnienia. Wkrótce wzięła udział w Powstaniu Warszawskim. Pisała artykuły do prasy powstańczej.

Uratowani z piekła

Po opuszczeniu Warszawy 10 października 1944 r. pisarka szczęśliwie odnalazła w Milanówku swoją szesnastoletnią córkę, Annę. Walczyła ona w Powstaniu w kompanii „Harcerskiej” w Batalionie „Gustaw”. Mąż Zofii – Zygmunt Szatkowski oraz jej drugi syn – Witold byli w niewoli niemieckiej. Jeszcze w tym samym miesiącu Zofia i Anna przybyły do Częstochowy. Używały wówczas fałszywych nazwisk – Zofia Śliwińska i Anna Sokołowska. Początkowo przygarnęło je zaprzyjaźnione małżeństwo: Zofia Trzcińska-Kamińska, rzeźbiarka, i Zygmunt Kamiński. Nasze bohaterki codziennie chodziły na Mszę św. przed Cudowny Obraz Matki Bożej Częstochowskiej, by dziękować za uratowane życie.

Po Powstaniu do Częstochowy przybyło wielu ocalałych, a wśród nich byli wybitni lekarze, naukowcy, muzycy, ludzie kultury, którzy wywarli duży wpływ na rozwój miasta. Z wezwaniem do „dzielenia się z naszymi nieszczęśliwymi braćmi tym wszystkim, co jeszcze sami posiadamy”, wystąpił w październiku 1944 r. biskup częstochowski Teodor Kubina. Częstochowianie okazali się bardzo hojni. W tym czasie działały, pod kierunkiem s. Zofii Szulc, kuchnie oferujące darmowe posiłki, prowadzone przez siostry zmartwychwstanki, magdalenki i ojców paulinów. Uchodźcy z Warszawy znaleźli też opiekę w domach zakonnych i przy parafiach, m.in. parafii św. Jakuba, gdzie proboszczem wówczas był ks. Wojciech Mondry – pierwszy redaktor naczelny „Niedzieli”, w latach 1926-37.

Praca w „Niedzieli”

W Częstochowie Zofia Kossak podjęła starania o reaktywowanie „Niedzieli”. Zależało jej, by tą drogą rozpocząć pracę nad odbudową moralną społeczeństwa. W lutym 1945 r., miesiąc po ewakuacji niemieckich wojsk z Częstochowy i „wyzwoleniu” miasta przez Armię Czerwoną, pisarka zwróciła się do bp. Teodora Kubiny z propozycją, aby wznowić wydawanie tygodnika katolickiego i zaoferowała swoją pomoc w tym dziele. Biskup przyjął tę inicjatywę i wkrótce powołał ks. Antoniego Marchewkę, doświadczonego w pracy dziennikarskiej, na stanowisko redaktora naczelnego „Niedzieli”.

Ks. Marchewka także był w Warszawie w czasie Powstania. Chodził po schronach w szpitalach, spowiadał rannych powstańców i odprawiał Msze św. Swoje przeżycia opisał w książce wydanej w Bibliotece „Niedzieli”, pt. „...Nadejdzie kiedyś dzień wolności. Wspomnienia”. Trzeba dodać, że ks. Marchewka i Zofia Kossak razem ratowali w czasie wojny żydowskie dzieci, uratowali m.in. Artura Draifingera (osiadłego później w Argentynie).

Zofia Kossak zajęła się wraz z ks. Marchewką organizowaniem redakcji. Pierwszy numer powojennej „Niedzieli” ukazał się z datą 8 kwietnia 1945 r. Pisarka z córką zamieszkały na plebanii parafii św. Barbary. Zofia pracowała wówczas nad wspomnieniami z Auschwitz – „Z otchłani”, nie mając nawet własnej maszyny do pisania. Pierwsze odcinki książki ukazały się w „Niedzieli”. Kolejnym częstochowskim lokum pisarki był dom dla sierot i osób starszych. W tym czasie wraz z córką wybrała się do Warszawy, by przenieść na Powązki ciało babci, zmarłej z wycieńczenia pod koniec Powstania i pochowanej na podwórzu Szpitala Wolskiego.

Wygnanie z Ojczyzny

W czerwcu 1945 r. Zofia Kossak otrzymała list z Warszawy zaadresowany na jej prawdziwe nazwisko. Był to nakaz stawienia się u ministra Jakuba Bermana. Zmusił on pisarkę do opuszczenia Polski – jak argumentował: „dla jej własnego dobra”. Miał to być rewanż za uratowanie od śmierci z rąk Niemców dzieci brata Bermana. W lecie 1945 r. Zofia i Anna z głębokim smutkiem opuściły ukochaną Ojczyznę. Pisarka przez ponad 10 lat przebywała w Wielkiej Brytanii, pracując na farmie wraz z mężem – szczęśliwie odnalezionym. Odnalazł się też syn Witold. Została pozbawiona przez władze komunistyczne polskiego obywatelstwa, a jej wszystkie książki trafiły w PRL-u na listę książek zakazanych.

Wróciła do kraju po październikowej odwilży, w 1957 r. Zamieszkała wówczas w Górkach Wielkich na Śląsku Cieszyńskim. Zmarła w 1968 r. W 40. rocznicę śmierci wielkiej pisarki Rada Miasta Częstochowy nazwała jedną z ulic miasta, w pobliżu Kurii Metropolitalnej, imieniem Zofii Kossak-Szczuckiej. Wdzięczną pamięcią otacza Zofię Kossak szczególnie nasz tygodnik.