Świętowanie zwieńczyła Msza św. odpustowa i wprowadzenie relikwii bł. Stefana Wyszyńskiego. W uroczystość Niepokalanego Poczęcia NMP, patronki parafii, Eucharystii przewodniczył bp Wiesław Śmigiel w asyście proboszcza miejsca ks. prał. Krzysztofa Lewandowskiego oraz innych kapłanów. Relikwie błogosławionego wnieśli przedstawiciele parafii na Stawkach, którzy mieli okazję w swoim życiu osobiście spotkać Prymasa Tysiąclecia. Do chwili powstania diecezji toruńskiej ta część Torunia należała do archidiecezji gnieźnieńskiej. Chociaż parafia na Stawkach została powołana już po śmierci prymasa – 25 listopada 1982 r. – w jej skład weszły tereny parafii na Podgórzu i na Rudaku, które jako metropolita gnieźnieński odwiedzał i udzielał tam sakramentów. Żyje jeszcze wiele osób, które miały okazję spotkać go osobiście.

W homilii bp Wiesław powiedział, że dziękując za 40 lat istnienia parafii, zdajemy sobie sprawę, że historia to nie tylko daty, które zapisujemy w kronice parafialnej, ale bardzo konkretni ludzie. Dziękujemy za duszpasterzy, proboszczów, biskupów, wikariuszy, ale też za całe zastępy ludzi świeckich, dzięki którym ta parafia istnieje i jest prawdziwą wspólnotą.

Oprawę muzyczną uświetniły dzieci ze scholi parafialnej pod kierunkiem Joanny Fojt i Radosława Zawackiego. Na zakończenie Mszy św. odmówiono akt zawierzenia Matce Bożej i przeniesiono relikwiarz do bocznego ołtarza, gdzie wierni będą mogli prosić o potrzebne łaski za przyczyną bł. Wyszyńskiego.